关于您提到的公司只寄回一份三方协议的问题，根据三方协议的性质，它必须三方全部签字盖章才有效。如果公司只寄回一份且该份协议已经由毕业生、用人单位和学校三方全部签字盖章，那么这份协议是具有法律效力的。但如果缺少任何一方的签字盖章，那么该协议则不奏效。法律依据为三方协议的基本规定，即必须三方全部签字盖章才构成有效的合同关系。
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如果公司只寄回一份三方协议，您可以采取以下措施确保权益：1.与公司沟通，要求他们按约定寄回两份协议，确保您和学校各持一份。2.如果公司拒绝，可以请求学校或相关部门介入协调。3.若协调无果，考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如提起诉讼或申请仲裁。
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从法律角度，您应首先核实该份协议是否已完整签署并盖章。若已完整，可与公司沟通要求补寄一份。若沟通无果，可保留与公司沟通的记录，并咨询专业律师，评估是否可通过法律手段要求公司履行协议约定的义务，包括补寄协议或承担相应责任。