可以申请退款。农村合作医疗款重复缴纳属于不当得利，依法应退还。分析说明：根据《民法典》相关规定，因他人没有法律根据，取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。农村合作医疗款重复缴纳，意味着农民多支付了本不应支付的费用，属于不当得利，相关部门或机构有义务退还多缴的费用。提醒：若申请退款后长时间未得到处理，或遭遇拒绝退款的情况，表明问题比较严重，应及时寻求法律途径解决。
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具体操作：1. 提交退款申请：向当地农村合作医疗管理机构提交书面退款申请，附上重复缴纳的证明材料，如缴费凭证、银行流水等。2. 等待处理：管理机构在收到申请后，会进行核实。若确认重复缴纳，会按照流程办理退款。3. 法律途径：若管理机构不予处理或处理不当，可咨询律师，准备相关证据材料，向人民法院提起行政诉讼或民事诉讼，要求退还重复缴纳的款项。4. 强制执行：若法院判决支持退款请求，但对方仍不执行，可申请法院强制执行。
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处理方式：从法律角度，处理农村合作医疗款重复缴纳的问题，主要有两种方式：一是向当地农村合作医疗管理机构提出退款申请；二是若管理机构不予处理或处理不当，可提起行政诉讼或民事诉讼。选择方式：若问题较为简单，且当地农村合作医疗管理机构态度积极，建议首选提出退款申请；若遭遇阻碍或处理不当，再考虑通过法律途径维护自身权益。